| 编号 | 保 护 区 名 称 | 所在地区 |
| 1501 | 黄河鄂尔多斯段黄河鲶国家级水产种质资源保护区 | 内蒙古 自治区 |
| 1502 | 额尔古纳河根河段哲罗鱼国家级水产种质资源保护区 | 内蒙古 自治区 |
| 2201 | 密江河大麻哈鱼国家级水产种质资源保护区 | 吉林省 |
| 2202 | 鸭绿江集安段石川氏哲罗鱼国家级水产种质资源保护区 | 吉林省 |
| 2203 | 嫩江大安段乌苏里拟鲿国家级水产种质资源保护区 | 吉林省 |
| 2301 | 黑龙江萝北段乌苏里白鲑国家级水产种质资源保护区 | 黑龙江省 |
| 2302 | 盘古河细鳞鱼江鳕国家级水产种质资源保护区 | 黑龙江省 |
| 3201 | 海州湾中国对虾国家级水产种质资源保护区 | 江苏省 |
| 3202 | 太湖银鱼翘嘴红鲌秀丽白虾国家级水产种质资源保护区 | 江苏省 |
| 3203 | 洪泽湖青虾河蚬国家级水产种质资源保护区 | 江苏省 |
| 3204 | 阳澄湖中华绒螯蟹国家级水产种质资源保护区 | 江苏省 |
| 3205 | 长江靖江段中华绒螯蟹鳜鱼国家级水产种质资源保护区 | 江苏省 |
| 3206 | 蒋家沙竹根沙泥螺文蛤国家级水产种质资源保护区 | 江苏省 |
| 3501 | 官井洋大黄鱼国家级水产种质资源保护区 | 福建省 |
| 3601 | 鄱阳湖鳜鱼翘嘴红鲌国家级水产种质资源保护区 | 江西省 |
| 编号 | 保 护 区 名 称 | 所在地区 |
| 3701 | 崆峒列岛刺参国家级水产种质资源保护区 | 山东省 |
| 3702 | 南四湖乌鳢青虾国家级水产种质资源保护区 | 山东省 |
| 3703 | 长岛皱纹盘鲍光棘球海胆国家级水产种质资源保护区 | 山东省 |
| 3704 | 海州湾大竹蛏国家级水产种质资源保护区 | 山东省 |
| 3705 | 莱州湾单环刺螠近江牡蛎国家级水产种质资源保护区 | 山东省 |
| 3706 | 靖海湾松江鲈鱼国家级水产种质资源保护区 | 山东省 |
| 4101 | 黄河郑州段黄河鲤国家级水产种质资源保护区 | 河南省 |
| 4102 | 淇河鲫鱼国家级水产种质资源保护区 | 河南省 |
| 4201 | 梁子湖武昌鱼国家级水产种质资源保护区 | 湖北省 |
| 4202 | 西凉湖鳜鱼黄顙鱼国家级水产种质资源保护区 | 湖北省 |
| 4301 | 东洞庭湖鲤鲫黄颡国家级水产种质资源保护区 | 湖南省 |
| 4302 | 南洞庭湖银鱼三角帆蚌国家级水产种质资源保护区 | 湖南省 |
| 4303 | 湘江湘潭段野鲤国家级水产种质资源保护区 | 湖南省 |
| 4401 | 西江广东鲂国家级水产种质资源保护区 | 广东省 |
| 4402 | 上下川岛中国龙虾国家级水产种质资源保护区 | 广东省 |
| 4403 | 石窟河斑鳠国家级水产种质资源保护区 | 广东省 |
| 4404 | 流溪河光倒刺鲃国家级水产种质资源保护区 | 广东省 |
| 5301 | 弥苴河大理裂腹鱼国家级水产种质资源自然保护区 | 云南省 |
| 5302 | 南捧河四须鲃国家级水产种质资源保护区 | 云南省 |
| 编号 | 保 护 区 名 称 | 所在地区 |
| 6201 | 黄河刘家峡兰州鲶国家级水产种质资源保护区 | 甘肃省 |
| 6301 | 青海湖裸鲤国家级水产种质资源保护区 | 青海省 |
| 6401 | 黄河卫宁段兰州鲶国家级水产种质资源保护区 | 宁夏回族自治区 |
| 6402 | 黄河青石段大鼻吻鮈国家级水产种质资源保护区 | 宁夏回族自治区 |
| 0001 | 辽东湾渤海湾莱州湾国家级水产种质资源保护区 | 渤海 |
| 0002 | 黄河上游特有鱼类国家级水产种质资源保护区 | 四川、甘肃、青海 |
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